Namun, gagasan besar tersebut tidak pernah mencapai kata sepakat penuh. Sejarawan Boon Kheng Cheah dalam Red Star Over Malaya (1983) menulis adanya kemungkinan Mohammad Hatta dan sejumlah tokoh lain menolak ide persatuan tersebut.
Situasi kemudian bergerak cepat. Jepang menyerah kepada Sekutu pada 14 Agustus 1945, menciptakan kekosongan kekuasaan yang memanaskan dinamika politik di Indonesia. Di Jakarta, golongan muda mendesak agar proklamasi kemerdekaan segera dilakukan, yang kemudian memuncak dalam peristiwa Rengasdengklok.
Akhirnya, Indonesia memproklamasikan kemerdekaan pada 17 Agustus 1945, lebih cepat dari jadwal yang sebelumnya dijanjikan Jepang. Sejak saat itu, gagasan Indonesia Raya ikut tenggelam.
Ibrahim Yaacob pun disebut harus mengubah arah perjuangannya. Sementara itu, Malaya baru menyusul merdeka 12 tahun kemudian, tepatnya pada 31 Agustus 1957 menutup bab panjang sebuah wacana persatuan yang pernah nyaris menjadi kenyataan.
